Historia projektu pn. „Modernizacja i rozwój zintegrowanego systemu transportu zbiorowego w Olsztynie” zaczęła się w 2006 r. W marcu 2006 roku ukazał się projekt Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej, w którym jedno z działań przewidywało realizację projektów z zakresu transportu publicznego w pięciu miastach wojewódzkich Polski Wschodniej. Do realizacji przewidziano inwestycje z zakresu zintegrowanych systemów transportu miejskiego bezpośrednio przyczyniających się do poprawy jakości życia, podnoszenia wizerunku regionu oraz wpływania na zwiększenie możliwości rozwojowych miasta.
W czerwcu 2006 r. Urząd Miasta Olsztyn zlecił opracowanie dwóch dokumentów: „Przegląd strategiczny wdrażania polityki transportowej w Olsztynie i Raport dla potrzeb zdefiniowania projektów rozwojowych“ oraz „Badanie zachowań i preferencji komunikacyjnych mieszkańców Olsztyna“. W sierpniu 2006 r. Gmina Olsztyn zgłosiła pięć projektów do Planu Inwestycyjnego Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej 2007-2013, w tym projekt pn. „Modernizacja i rozwój zintegrowanego systemu transportu zbiorowego w Olsztynie“, które w grudniu 2006 r. zostały zaakceptowane przez Komitet Rady Ministrów. W marcu 2007 r. zostało zlecone opracowanie „Studium rozwoju transportu publicznego w Olsztynie wraz z analizą racjonalności wprowadzenia transportu szynowego“, które zostało wykonane w październiku tego samego roku. W ramach tego opracowania rozważano wiele opcji, przede wszystkim warianty: autobusowy, trolejbusowy i tramwajowy. W wyniku przeprowadzonych analiz stwierdzono, że warianty autobusowy i tramwajowy spełniają wymogi projektu i spośród nich miał być wybrany wariant ostateczny na podstawie kryteriów oraz ostatecznych zasad przyznawania wsparcia projektów w ramach Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej.
